在肉鸭养殖及其周遍区域内存在大量的病原微生物。鸭舍地面、墙壁灰尘、粪便、药物注射后的废弃物、病鸭和死鸭等都是病原微生物的理想寄宿载体。因此，必须经常性的对禽舍地面、墙壁的灰尘进行清扫，及时清理粪便，不要乱扔各种废弃物，及时的处理病鸭和死鸭。要从各个方面减少各种病原菌的宿主载体。日常清洁卫生和消毒能有效杀灭各种病原微生物，切断传染源。

在自然条件下，病原微生物对环境有一定的适应能力和抵抗力，甚至能长期存活，随时可能感染鸭群，导致鸭群发病。鸭群感染病源微生物后，成为新的传染源向周围转播。

消毒是借助于各种消毒剂杀死或抑制病原微生物的生长。日常使用的消毒剂如漂白粉、石灰、草木灰、过氧乙酸、火碱、高锰酸钾等对细菌和病毒都具有一定的抑制作用或灭杀作用。

日常清洁卫生、清理废弃物能有效减少病原微生物的载体，定期消毒能抑制或灭杀各种病原微生物。这两种方法结合对控制和预防养鸭场的各种疾病发生有十分重要的作用。

消毒剂按照其化学作用原理或灭菌机理分为4类。其一，碱性消毒剂，主要有生石灰、草木灰、烧碱和季铵盐。其二，酸性消毒剂，包括乙酸、甲酸、苯甲酸、乳酸、水杨酸、盐酸、硫酸等。其三，氧化性消毒剂，主要有过氧乙酸、过氧化氢、次氯酸、高锰酸钾、碘酊、酚类、醛类（甲醛、戊二醛等）等。其四，醇类消毒剂，主要有乙醇、异丙醇两种。

国家环境保护行业标准(HJ\T80-2001)对我国畜禽养殖场能够使用的清洁剂和消毒剂提出了明确规定。在鸭场使用消毒剂时，应严格执行HJ\T80-2001标准的各项要求。该标准提出了允许在鸭场使用的清洁剂和消毒剂主要有19种，包括水和水蒸气、软皂、 石灰水、生石灰、次氯酸钠、氢氧化钠、氢氧化钾、过氧化氢、柠檬酸、过氧乙酸、蚁酸、乳酸、草酸、乙酸、酒精、甲醛、碘酒、高锰酸钾、碳酸钠。酸类消毒剂因其具有较强的腐蚀性，养鸭场不常用。

（1）碱性消毒剂中国水禽网

常用的碱性消毒剂主要有生石灰、草木灰、烧碱和季铵盐。用3.0%～5.0%的生石灰水溶液、1.0%～2.0%的烧碱溶液喷洒消毒鸭舍内地面、墙壁、网架结构、水槽和食槽等养殖设备及运动场等，具有良好的消毒作用。冬季北方地区在使用火碱溶液消毒时，应防止冻结而降低消毒效果。火碱溶液有强烈的腐蚀性，不应用于金属器械、纺织品的消毒。更应避免鸭群直接接触火碱溶液。草木灰与水按1:10的比例混合均匀，制成水溶液，喷洒鸭舍、运动场，浸泡消毒水槽及食槽等,水温为50～70℃时消毒效果最好。

（2）氧化性消毒剂中国水禽网

氧化性消毒剂主要有过氧乙酸、过氧化氢、次氯酸、高锰酸钾、碘酊、酚类、醛类（甲醛、戊二醛等）等。